Pero como la situación de la Nueva España era cada día más confusa, el emperador determinó que el nuevo obispo pasase a su sede aun antes de recibir sus documentos legales. El señor Zumárraga llegó a México en compañía de los oidores de la primera Audiencia. Frente a aquel grupo de hombres desalmados que sólo procuraban medrar para sí mismos, el obispo no oponía más armas que su cargo episcopal, reducido a la categoría de "electo", y el nombramiento de Defensor de los Indios que le diera Carlos V, que aprovechó en una forma verdaderamente heroica, para oponerse a los desmanes de esa camarilla de pícaros que con el titulo de oidores estuvieron a punto de destruir toda la obra edificada por Hernán Cortés y sus colaboradores.

Las paces entre el Papa y el emperador fueron firmadas el 29 de junio de 1529 en Barcelona, y entonces, a petición de Carlos V, Clemente VII expidió la Bula Sacri Apostolatus, de fecha 2 de septiembre de l530, por la cual erigía el obispado de México y al mismo tiempo aquélla en que nombraba primer obispo de la nueva diócesis a don fray Juan de Zumárraga, y las complementarias para instituir la nueva sede como sufragánea del arzobispado de Sevilla.

Como el prelado había hecho el viaje a la Nueva España desde 1528, llegando a Ulúa al mismo tiempo que los oidores de la primera Audiencia, su posición legal ofrece un curioso problema. No podía ser obispo electo puesto que la elección era facultad exclusiva del Papa, pero tenía la seguridad de serlo por la prerrogativa que el mismo Pontífice concediera a los reyes de España. Don fray Juan de Zumárraga usó en todas sus providencias obispales el titulo de "electo"; en realidad no lo era, ni tampoco podía ser "presentado", porque la anormalidad que reinaba entre la Corte de España y el Papado impedía que Carlos V pudiese hacer una presentación formal. En consecuencia hay que aceptar que, fundándose en las prerrogativas concedidas a priori, se aceptaban un tanto arbitrariamente las consecuencias que iban a obtenerse a posterior.

Sea como fuere, el señor Zumárraga desempeñó su cargo legal o ilegalmente, pero con un espíritu verdaderamente apostólico. Traía entre sus despachos, como hemos dicho, el nombramiento de Protector de los Indios, acaso más importante en aquellos tiempos turbulentos que las bulas episcopales. Y ese cargo fué llevado a término por el prelado en tal forma, que puede decirse que a él se debe que todo el cúmulo de tiranías y crímenes cometidos por esa infausta primera Audiencia, cuyo nombre sólo parece una mácula en el gobierno de Carlos V, fuese corregido, castigado en lo posible y remediado hasta donde se podía con el nombramiento de los integérrimos varones que constituyeron la segunda Audiencia de la Nueva España.

Todo ello se debe a Zumárraga, a su famosa carta del 27 de agosto de l529 que es, sin duda, el documento más notable para la historia de ese período en nuestro país.

Los enemigos del obispo no habían estado ociosos; sus acusaciones contra él, presentadas por los buenos valedores que tenían en la corte, hicieron que fuese llamado a España, para donde partió el año de 1532. Su presencia y su actitud, desbarataron todos los cargos y fué entonces cuando su diócesis quedó formalmente establecida. En efecto, fué allí consagrado el 27 de abril de 1533, en la capilla mayor del convento de San Francisco de Valladolid, por el señor obispo de Segovia, don Diego de Rivera. El 2 de agosto del mismo año despachó Carlos V las ejecutoriales u órdenes para cumplir las bulas, dirigidas a la Audiencia de la Nueva España. El 27 de diciembre del mismo año el bachiller Alonso López, que se dice canónigo y provisor, y Bernardino de Santa Clara, vecino prominente de México, presentaron estos documentos que la Audiencia mandó que fuesen obedecidos y, así, el 28 de diciembre del mismo año 1533 tomaron posesión los apoderados del señor Zumárraga en la iglesia mayor de México.

Una vez consagrado obispo escribió, con aquel espíritu seráfico que inspiró todos los actos del santo varón, una exhortación latina dirigida a los frailes franciscos y de Santo Domingo, para que en su compañía recogiesen los frutos que les brindaba la cosecha riquísima que se les ofrecía en el nuevo mundo.

Poco más de un año permaneció en España el señor : Zumárraga negociando asuntos de su obispado, y a principios de 1534 redacto la erección de su iglesia, documento importantísimo en el cual se ve cómo estaba organizaba la diócesis de México.

Antes de que demos noticia acerca de esta organización, conviene señalar los territorios que comprendía el obispado de México. Eran ellos los que hoy ocupan el Distrito Federal, los Estados de México, Hidalgo, Querétaro, y Morelos en su totalidad; la Huasteca potosina, es decir, los antiguos partidos de Tancanhuitz, Valles y Tamazunchele, de San Luis Potosí; la Huasteca Veracruzana, o sea, los viejos cantones de Ozuluama y Tantoyuca, en Veracruz; dos distritos según la organización antigua del Estado de Guanajuato: Iturbite, antes Casas Viejas, y Victoria, anteriormente llamado Xichú; y cinco de los antiguos distritos del Estafo de Guerrero: Alarcón, o sea Tasco, Aldama, que era Teloloapam, Bravos o Chilpancingo, Hidalgo, antes Iguala, y Taberes, que corresponde a Acapulco.

La erección de la iglesia de México, inspirada en la de la de Sevilla y que sirvió de modelo a las de muchas otras catedrales, organiza en un todo el servicio eclesiástico; para ello designa desde luego a los miembros que han de formar su Cabildo: al deán, que es la primera dignidad después de la pontifical; al arcediano, a quien corresponde el examen de los ordenandos, la administración de la ciudad y de la diócesis, aparte de la visita de la misma si el prelado se la encargare; un chantre, que debe ser instruido y perito en música, o a lo menos en canto llano, ya que su oficio es cantar en el facistol y enseñar a cantar a los servidores de la iglesia y llevar la administración del coro. Un maestrescuelas, que debe enseñar gramática a los clérigos y a los servidores de la iglesia, así como a los fieles de la diócesis que quieran oír sus lecciones. Un tesorero, al que corresponde hacer cerrar y abrir el templo, tocar las campanas, guardar todos los utensilios eclesiásticos, lámparas y candiles, cuidar del incienso, de la cera, del pan y del vino y de las demás cosas para celebrar, y finalmente vigilar los réditos de la fábrica de la iglesia, tanto cuenta de todo al Cabildo para que él dé su acuerdo. Diez cargos de canónigos y prebendas, que deberían ser independientes de las dignidades antes mencionadas. Seis raciones íntegras y seis metías raciones. El número de rectores necesario para el servicio de la Catedral. Seis acólitos. Un sacristán. Un organista. Un pertiguero. Un mayordomo o procurador de la fábrica de la iglesia y hospital, el cual presidirá a los arquitectos, albañiles, carpinteros y otros oficiales que trabajen para edificar las iglesias. Un conciliarlo o notario, y finalmente un perrero que debe echar a los perros de la iglesia y limpiarla todos los sábados y en víspera de cualquiera fiesta que tenga vigilia y cada vez que le sea mandado por el tesorero.

Con un personal tan numeroso en una iglesia nuevamente erigida, era difícil que se obtuviesen los elementos necesarios para sostenerla. Puede decirse que el señor Zumárraga erige su iglesia pensante en el futuro, cuanto la diócesis de México llegue a ocupar la importancia que el nuevo país le reclama. En la actualidad, los frailes ocupan la mayor parte de la administración, por tanto, debe hacerse una limitación provisional en el número de dignidades, canónigos y raciones. Así, en la misma erección, suspende por de pronto la dignidad de tesorero, cinco canónigos y todas las raciones y medias raciones. Y además procura mejorar las retribuciones.

Así se distribuían tales monumentos:

Al deán, ciento cincuenta libras "llamadas vulgarmente en aquellas regiones pesos"; al arcediano, ciento treinta pesos; a cada uno de los canónigos, cien pesos; a los racioneros, setenta pesos; a los medio racioneros, treinta y cinco; a los capellanes, veinte; a cada acólito, doce; al organista y al notario, dieciséis; lo mismo al pertiguero; al mayordomo, cincuenta, y al perrero, doce.

Viene en seguida la distribución de los diezmos, la organización de las parroquias y una disposición especialmente valiosa para la historia de la Catedral: el apartado 31 de la erección, que en su parte final dice: "Aplicamos también perpetuamente con la misma autoridad a la fábrica de la iglesia catedral de María Santísima de nuestra diócesis dicha, todos y cada uno de los diezmos de un parroquiano de la misma iglesia, y de todas las otras iglesias de toda la ciudad y diócesis; con tal de que el tal parroquiano no sea el mayor o el más rico de dicha nuestra iglesia catedral y de las otras iglesias de nuestra referida diócesis, sino el segundo después del primero". Es decir, que aparte de lo que de los fondos de fábrica estaba destinado para la obra de la iglesia, se dedican los diezmos de un feligrés, de los más ricos, no el primero, sino el que le seguía.

La advocación de la santa iglesia Catedral debía ser la de la Asunción de la Virgen María, y agrega: "Asignamos por parroquianos de la dicha iglesia las casas, habitantes y moradores y vecinos, tanto los que dentro de la ciudad, como los que en los suburbios de ella habitan y moran de presente, y en lo futuro habitasen y morasen, hasta que en dicha ciudad se haga por Nos y por nuestros sucesores cómoda división de parroquias, a la cual también tengan obligación de pagar derechos de iglesia parroquial, diezmos, primicias y hacer oblaciones..."

El último apartado de la erección prescribe para el obispo y sus sucesores la facultad de establecer en lo sucesivo aquellas cosas que convinieron y termina con los párrafos necesarios para ratificar en todas sus partes la erección. La fecha dice: "Dada en Toledo en el año de la Natividad del Señor de 1534. "Regresó don fray Juan a México a continuar su misión apostólica ayudado, ahora sí, por los funcionarios de la segunda Audiencia. La vida colonial seguía su marcha, sin más contratiempos que discusiones ociosas en aquellos tiempos en que la necesidad imponía prácticas que tenían por fuerza que apartarse de las costumbres aceptadas. Tal aconteció con la discusión acerca del bautismo de los indios, que, claramente se comprende, no podía constar de todas las ceremonias prescritas por la iglesia, puesto que muchas veces tenía que hacerse en forma colectiva. La discusión llegó a tal punto que hubo que acudir a una autoridad superior, y así se organizó una junta con la Audiencia, obispos y prelados de las Ordenes, que tampoco llegó a ningún acuerdo. Turnado el asunto a España, el Consejo de Indias y el arzobispo de Sevilla determinaron que se continuase en la forma que se había hecho, hasta consultar con Su Santidad. El Papa Paulo III expidió el primero de junio de 1537 la bula Altitudo divini consilii, que resolvía claramente este problema y otros muchos que se habían suscitado.

Con el transcurso del tiempo se fundaron nuevas diócesis en la Nueva España, de manera que la situación eclesiástica de México requería otra organización: era necesario que existiese una Metropolitana de la cual dependieran todas estas diócesis en calidad de sufragáneas, en vez de tener que depender de la catedral de Sevilla, mucho más lejana. "Por eso, en consistorio secreto de 11 de febrero de 1546, y a instancias del emperador, separó el señor Paulo III la iglesia de México erigiéndola en Metropolitana, y dándole por sufragáneas las de Oaxaca, Michoacán, Tlaxcala, Guatemala y Ciudad Real de Chiapas. Nombró por primer arzobispo al mismo señor Zumárraga y el 8 de julio de 1547 le envió la bula del Palio, que no llegó a recibir."

El señor :Zumárraga se encontraba en el pueblo de Ocuituco, que se le había dado en encomienda para sostener con sus tributos el Hospital del Amor de Dios, cuando recibió la noticia que lo sobresaltó en forma inexplicable, porque se juzgaba indigno de ser obispo y más ano del arzobispado. Regresó a México y fué a consultar el caso con su íntimo amigo fray Domingo de Betanzos, que se encontraba en su convento de Tepetlaóztoc; hizo el viaje secretamente, en un asno, y tanto la preocupación que le agobiaba como la fatiga que le causó haber confirmado a catorce mil quinientos indios, le agravaron sus males y tuvo que regresar a México, acompañado por el padre Betanzos, en donde, a pocos días, murió el 3 de junio de 1548.

De este modo cambió la organización del obispado, pasando el de Nueva España a la calidad de Metropolitano y los demás a la de sufragáneas.

Más tarde la Provincia Mexicana se subdividió en diversos arzobispados, haciendo que fueran sufragáneos de cada uno de ellos los nuevos obispados que se iban fundando en el transcurso del tiempo; así, la Iglesia mexicana consta en la actualidad de una metropolitana que a la vez es provincia y tiene por sufragáneas a las diócesis de Veracruz, Tulancingo, Chilapa y Cuernavaca.

La Provincia de Oaxaca, con Tehuantepec y Chiapas por sufragáneas.

La Provincia de Guadalajara, con Zacatecas, Tepic y Colima.

La de Linares (Monterrey), con San Luis Potosí, Saltillo y Tamaulipas.

La de Michoacán, con Zamora, León, Querétaro ., Tacámbaro.

La de Durango, con Sinaloa, Sonora y la vicaría apostólica de Baja California.

La de Puebla, con Huajuapan de León.

Y la de Yucatán, con Campeche y Tabasco.

Consta la Iglesia mexicana en la actualidad de treinta y un obispados, la vicaría apostólica de la Baja California y la basílica de Nuestra Señora de Guadalupe, que tiene abad mitrado y cabildo y puede considerarse, en consecuencia, como otra catedral.

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