La primera capilla de la nave procesional del Evangelio contigua a la sala capitular está consagrada al protomártir mexicano, San Felipe de Jesús, pero no fué dedicada a él tan luego como conoció en México su beatificación, sino años más tarde. El Cabildo de la Catedral acordó dedicarle altar al santo en enero de 1636. Dos años después fué colocado en la capilla que ocupa hasta la actualidad.

El ornamento de dicha capilla era más interesante en la antigüedad que ahora, pues en ella existía una gran pintura que representaba a la primera procesión que se hizo en México en honor del santo, el 5 de febrero de 1629. Tal procesión, bien sabido es, tuvo de notable el hecho de que en ella figuraba la madre del santo, dona Antonia Martínez de las Casas. La pintura, por descuido de algunos miembros del Cabildo, fué retirada de la capilla y desapareció sin que conozcamos su fin.

REJA ORIGINAL DE LA CAPILLA DE SAN FELIPE DE JESÚS.

En ella están enterrados algunos parientes de San Felipe, así como los restos del señor arzobispo don Francisco Aguiar y Seijas que deseó ser sepultado aquí desde su muerte, pero que no ocupó el sitio que había escogido para sus restos sino el 6 de diciembre de 1721, gracias a la solicitud de un su sobrino, don Francisco Partero que, habiendo llegado a ser chantre de la Catedral, promovió la traslación. En el muro del lado derecho de la capilla había un altar dedicado a San Carlos Borroneo, que fué retirado para instalar la urna que contiene los restos de don Agustín de Itúrbide y Arámburo, que consumó la Independencia de México. Sus cenizas fueron traídas de Padilla a México en octubre de 1838 y su traslación constituyó un verdadero acontecimiento nacional.

El retablo principal de la capilla data del siglo XVIII y ostenta en su nicho central una escultura del santo y alrededor se ven pinturas anónimas del mismo siglo, con escenas de su martirio. No son obras de arte de primer orden, que no eran habituales en esa época. Al lado de la izquierda existe un altar dedicado a Santa Rosa de Lima, patrona de América, que bien merece un sitio en nuestra Catedral.

En la parte exterior de esta capilla, encerrada en una reja de madera, se encuentra la pila en que se dice fué bautizado San Felipe de Jesús. Don Jesús Galindo y Villa demuestra que tal afirmación es completamente apócrifa.